本病在不同病期，应与不同的疾病相鉴别。早期应与下列疾病相鉴别：初期梅毒、生殖器疱疹、软下疳、腹股沟肉芽肿以及其他原发性或继发性感染等。出现淋巴结病时除了应与上述疾病鉴别外，尚应考虑到恶性肿瘤（淋巴瘤、转移癌）和其他感染性疾病如猫抓病、结核病、单核细胞增多症、土拉菌病等。晚期肛门直肠病变应与腹股沟肉芽肿、痔、尖锐湿疣、化脓性汗腺炎、溃疡性和炎症性结肠疾病、丝虫病以及肛门和直肠癌等鉴别。